一九六六年八月下旬，北京串连来新疆的红卫兵要求王恩茂接见。
王恩茂来到现场，接见了清华大学、北京三十六中，还有北航红旗的几十名红卫兵代表。王恩茂是第一次接触红卫兵的，发现这些青年学生态度非常野蛮，不好对付。此后，他一天有时要接见三次，甚至有时整个晚上都在接见。红卫兵们常常是无理取闹，王恩茂感到难于对付，筋疲力尽。
九月三日，部分串连来新疆的清华大学、北京三十六中及新疆大学、乌鲁木齐市第一师范学院、八中等学校的红卫兵和学生，以报纸发表王恩茂在九月二日的讲话底稿与【新疆日报】发表的讲话稿有出入，说原稿上没有提“这次运动的重点是整党内走资本主义道路的当权派”为借口，要求自治区党委交出王的讲话底稿和录音供他们批判。
要求遭到拒绝后，在新疆大学中文系学生的带头下，一千多名红卫兵和学生冲击区党委机关，随后又冲击了档案局，同时他们在找不到王的讲话稿的情况下，封锁了区党委机关大门，查封机关办公室，并宣布静坐绝食。与此同时，为了扩大事态，他们发通电，散发传单，并两次发表【告全国同胞书】。次外，在北京红卫兵的鼓动下，他们殴打了在区党委机关执勤的解放军战士，制造了震动全疆的“九、三事件”。
九月五日，自治区党委召开会议，建议王恩茂接见学生，王接受了这个意见。
晚上，王恩茂在其他领导的陪同下，接见了绝食的学生，并同学生们进行了交谈。由于他是江西人，普通话不够标准，学生们打断了他的讲话，并准备给他载高帽，接见不欢而散。后经领导们反复劝说，学生们也结束了绝食。但事态并未平息，北京红卫兵继续利用大辩论，鼓动群众们起来造反。
绝食学生们的行动遭到一部分群众的反对。一些干部以区党委干部的名义写了【他们要干什么】的大字报，得到一部分群众的支持，于是，两种不同观点的群众在人民广场展开了大辩论。每天，有成千上万的学生、干部、工人以及市民涌向人民广场叁加辩论，辩论有时每天持续八至九小时之久。群众性的大辩论一直坚持到九月十二日，在广场上每天都有辩论会，有时竟有数万人之多。
九月七日，毛泽东发表最新指示后，王恩茂公开承认了犯方向性、路线性错误，辩论仍在继续，一直到九月十二日以后，大辩论的势头才慢慢减弱。
十月二十一日，谢富治在公安部接见了新疆大学九、三事件赴京代表团，他说：我们支持你们的革命行动。
十一月二日，周恩来在中南海再次接见了新疆大学九、三事件赴京汇报团全体代表。周恩来看了传单【红卫兵要做无产阶级保皇派】后，很生气地说：“胡址！怎么这样提！”
