一九六六年九月九日，乌鲁木齐市一些大专院校和中学红卫兵联合组成【乌鲁木齐市大中学校红卫兵总部筹委会】，后改为【红一司】。
与此同时，各学校成立了“造反兵团”“主沉孚”等名目繁多的红卫兵组织，一些机关和工矿企业也成立了各种各样的造反派组织。
十月二十七日，一批大中学校的红卫兵，在北京红卫兵的帮助下，又成立了一个红卫兵总部——新疆红卫兵无产阶级革命司令部【红二司】，这是一支造反派的红卫兵组织。它的成立，标志着两派群众组织的正式对立。
这时的王恩茂已经成为新疆的“头号走资派，是镇压群众运动的元凶”。新疆自治区的许多党政领导干部，如吕剑人【区党委书记处常务书记】、武光【区党委书记处书记、区政府第一副主席】、包尔汉【区党委书记处候补书记】、张仲翰【军区生产建设兵团副政委】、陆学斌【区党委书记处候补书记】都受到冲击，被说成是大叛徒、特务、里通外国分子、阴谋家、野心家等。
十一月二日，区党委召开革命师生代表大会，王恩茂在会上作了检查，却受到造反派的指责：王的讲话坚持资产阶级反动路线，站在保守派立场上讲话，导致红一司和红二司的争吵，产生了严重的对立情绪。
十一月三日至十二月二十八日，自治区党委召开三级干部会议。会议期间，红卫兵造反派连续冲击会场，楸斗各厅局和地州干部，甚至殴打会议代表。
十一月十五日，中央文革小组顾问康生出席阿尔巴尼亚第五次党代会后，于回国途中在乌鲁木齐停留。当天深夜，他接见了红二司的代表，作了两个多小时的谈话，鼓动他们起来造反。康生单独接见一派群众组织的作法，加剧了新疆两派的对立。
十二月八日下午，王恩茂再次接见外地红卫兵，在场的还有乌鲁木齐市委副书记阿木冬、尼牙孜和新疆军区副司令员张希钦。
接见中，双方发生了争吵，北京轻工学院红卫兵王启明等卡住阿木冬、尼牙孜的脖子罚跪。
王恩茂气愤地说：“你们这样抓人不对，尤其这样对待民族干部更不对！”
阿木冬、尼牙孜生气地说：“我十七年来未见过汉族同志这样对待我们少数民族干部，这样侮辱我们！”
王启明却说：“这都是王恩茂挑起的！”
九日凌时左右，王启明才宣布休会。当王恩茂等退出会场时，全场又起哄，有十多个人赶来要打王恩茂。
十二月十九日，生产建设兵团几千人冲击自治区党委三级干部会议，要楸斗兵团主要负责人。当他们的目的没有达到时，这些学生和工人就宣布绝食。乌鲁木齐的造反派为了支持绝食活动，故意制造了停水、停电、停交通事件，造成了极大的混乱。
在万般无奈的情况下，武光被迫给周总理办公室打电话报告学生绝食情况。
十二月二十三日，周恩来亲自打电话慰问绝食学生，并要求不同们立即复食。周恩来还要求王恩茂与绝食学生、工人代表一起到北京解决问题，事态才得以平息。
自此以后，静坐、绝食事件多次发生，新疆的局势开始失控，各单位领导机构都处在半瘫痪的状态。
