王效禹靠造反起家，也靠造反维护自己的地位。他的一些作法遭到老干部的强烈反对。特别是所谓“反逆流”运动，为人们深恶痛绝。他授意手下大肆抓捕反对夺权的一派，残酷殴打，致使许多人致残。
一九六七年五月，张春桥、王效禹等人策划、欺骗反对派到省革委会，王效禹则组织调动自己的一派十万多人，头戴柳条帽，手持棍棒，多路埋伏。七日凌晨，约万名反对派到达省革委会，马上被包围。济南文革中最大的一次武斗在张、王的亲自指挥下爆发。王效禹抓了数百名反对派负责人和群众，并把该派到省革委会定性为反革命事件，把镇压行动标榜为“五七大捷”。
王效禹掌握了山东省党政军大权后，自认为有了尚方宝剑，他数次调动上万枣庄、临於等地造反派组织的武斗队，直接到江苏徐州去武斗夺权，制造了徐州大规模的武斗事件。王效禹还指挥造反派殴打驻徐州城内的部队指战员，占领属于南京军区的徐州军分区大院，把数百名军人赶走，他们高呼口号；：“南京部队滚出徐州城！”
毛主席、周恩来等中央领导对王效禹在山东各地操纵武斗都极为不满，甚至连康生也讨厌他。在中共九大的小组会上，许世友因为徐州问题质问王效禹，王效禹不仅不认账，还当着大家的面顶撞许司令。许世友本来就看不起他，看到他撒野，就指着他的鼻子骂，还要揍他，吓得他马上闭了嘴，再也不敢吭声。
一九六八年底，王效禹发动所谓的“反复旧”运动，不断清洗各个造反派组织，鼓动造反派再次夺权，使文革以来的各种矛盾空前激化，生产受到极大破坏。同时，山东的混乱局面波及到其他省份，引起中央的重视。”
一九六九年四月，在党的九大上，王效禹当选为中央委员。四月二十四日，九大结束后，中央将济南、青岛和济南军区的二十七名代表留在北京解决山东问题，实际上也是解决王效禹的问题。这次学习班从五月四日开始，至二十八日结束，历时二十三天，毛主席、周恩来等中央领导先后七次接见学习班成员并多次谈话，对王效禹的错误做出了明确的指示。
返回山东后，省革委会、济南军区党委继续召开会议，解决王效禹的问题。通过一系列的会议传达，群众逐渐认清了王效禹在文化大革命中，特别是他发动反逆流、反复旧，把矛头对准两级军区，对准党政军领导干部和广大群众，挑动派性，挑动武斗，破坏生产的错误。
一九六九年国庆节，山东省济南市军民在八一广场召开庆祝大会。王效禹仍以省革委会主任和济南军区第一政委的身份出席，大会尚未结束，他便匆匆离开了会场，从此就淡出人们的视野，开始接受审查。
一九七一年四月，中央批准将王效禹下放到辽宁省盘锦农场劳动锻炼。一九七九年，他被开除了党籍。一九九五年三月，这位在齐鲁大地风光了两年多的山东王在青州因心脏病发作去世，结束了他毁多誉少的一生。
